Han var miljøvernsjef i Stange kommune fra 1994 – 1999 og har siden jobbet som forsker på Jordforsk/NIBIO. Hovedtema har vært vannforurensing av næringsstoffer, men har også arbeidet noe med andre former for forurensing (miljøgifter). Håkon jobber  i dag som avdelingsleder for Avdeling grøntanlegg og miljøteknologi, og har holdt en rekke foredrag innen sitt fagfelt.

Han har også erfaring som næringslivsleder og gründer, har .vært med på å etablere og  utviklet programvare. For arbeid og initiativ i forbindelse med utvikling av dataløsninger har han to ganger blitt nominert til miljøprisen Glassbjørnen, og han ble tildelt innovasjonsprisen i Bioforsk i 2006.

Håkon har også vært tillitsvalgt i Forskerforbundet og er styremedlem i Naturvernforbundet i Østfold.